与此同时，一直没有出手营救六派人士的少林竟与朱元璋合谋，刺杀刘福通，朱元璋成功掌握了河南红巾军。而徐寿辉也引狼入室，接纳了陈友谅，被陈友谅篡夺了军权。两方兵合一处，进犯应天。一时间，应天四面楚歌，形势危在旦夕。

赵禹故意放纵朱元璋大军杀到应天城下，与此同时，早在西域时他安排在陈友谅身边的五行旗秘营成员此时早已经掌握了陈友谅军中大权，大军经过鄱阳湖后，杀掉陈友谅，驰援应天。内外合击，彻底击溃了朱元璋大军，而朱元璋也死在了乱军之中。

凭此兵威，赵禹率领大军兵犯苏州，而方国珍也彻底投靠了赵禹。张士诚力不能敌，自缚出城投降，原本正在筹划的屠狮大会也不了了之。谢逊成功被解救出来，而屠龙刀却下落不明。各派武林人士仍然不肯顺服，灭绝师太当众宣布了刀剑之中的秘密，于是各派人士纷纷出海，寻找屠龙刀的下落，寄望以此来打败魔君。

平定江南之后，赵禹命徐达常遇春兴兵北伐，而此时元廷大军仍陷入混战之中，根本无力抵抗。北伐大军势如破竹，一路杀入大都城中，传承百年的大元国祚就此覆灭！

元帝等一干蒙古贵人们仓皇逃亡上都，徐达常遇春北伐大军一路追击。而在将近上都时，常遇春旧疾复发，性命危在旦夕，赵禹携医仙胡青牛奔赴上都，救下常遇春，同时擒获未及逃远的元帝，将之押回应天。

是年，赵禹正式在应天登基为帝，国号大明。于此同时，王保保拥戴元廷太子登基为帝，重建大元，一路往西而去。

新朝第二年，失踪数年之久的殷野王等人终于回到中土，并且带来一个震惊世人的消息。他们漂泊海外，一路往东行去，竟然发现一片丰饶广袤的土地。那片土地地广人稀，无比肥沃，同时生长着无数在中土不曾出现的物种。块茎肥大的番薯，颗粒饱满、形如珍珠黄玉的蕃米……

这个消息令新朝上下震荡无比，赵禹更是亲自参与到进贤院对于新物种的研究中。为了更清晰了解那块新土地，赵禹命令殷野王等人将自己一路行进路程详细记录下来，刊行天下，鼓励民间前去探索。对于财富土地的渴望，整个新朝掀起了远航的热潮，然而由于路程着实太过遥远，茫茫大海中天灾**不断，无数人葬身在海洋中，然而也有一些运气好到了极点的人终于到达海洋的彼岸，那块富饶无比的广阔大陆，并且收集那些罕见物种，返回中土，获得惊人的封赏厚赐！

新的物种研发进度喜人，许多农作物已经成功在中土种植下来。而这其中，尤以元朝废帝这位鲁班天子的研究最为惊人。他竟借助新大陆带回的一种树胶设计出不须人力划动，只凭借沸水热气推动便能自动行驶的龙舟！

元帝将此奇物进献朝廷，赵禹大喜过望，册封元帝为王，准其世代传承，非谋国之逆不得废除。有此榜样，整个大明新朝掀起格物致知的狂热浪潮！

正当一切欣欣向荣时，阴霾却在渐渐逼近。新大陆的据点上突然出现红皮肤土著人，那些人骁勇善战，甫一接触便给了大明子民迎头痛击，损失惨重，只有一些身负武功之辈存活下来，并且将消息传递回来。赵禹大怒，欲要兴兵讨伐却被群臣劝阻，无奈下只能号召民间江湖人士前往新大陆。为了缓和正道武林与新朝的矛盾，张三丰百岁高龄自告奋勇，率领一干武林高手出海远洋。赵禹亲自送行，并册封张三丰为护国法师，许武当派世代传承。

随着往来中土与新大陆的人越来越多，江南却突然爆发瘟疫，无数人因此身亡。赵禹紧急召集天下名医商讨救治之法，终于在五毒教蓝教主和医仙胡青牛的帮助下，寻找到医治恶疾的良策，将瘟疫完全清除。

大明开国二十一年，明皇赵禹壮年驾崩，太子赵方即位为帝。新朝伊始，国舅王保保自缚归朝，愿举西元一国为藩篱，请求大明出兵救助危在旦夕的西元。新皇征召西域胡虏壮士，组建远征军，讨伐窃据察合台汗位的帖木儿王，并于花剌字模国彻底击溃帖木儿。由是，西域南洋万国来朝，共尊明皇为新成吉思汗！