想要达成“补完”，是每一个使徒的愿望。当然，所谓的邪恶使徒：人类，也不例外。知道了这个秘密的seele，就开始在暗地里谋划自己的“剧本”，也就是“人类补完计划”。

2000年9月13日，第二次浩劫（SecondImpact）发生。葛城美里随父亲一同前往南极科考，试图唤醒沉睡于白之月当中的亚当，当时亚当被朗基努斯之枪（据说这把枪的名字来源于把耶稣钉在十字架上的士兵的名字）封印在冰层下，人类拔掉了朗基努斯之枪的封印，却不幸引发“第二次冲击”。

在南极大陆上发生的一切，给地球带来了巨大的浩劫。大片冰山溶解，海平面上升，地轴倾斜，陆地沉入大海。并且造成全球性气温下降，经济崩坏、民族纷争和内战。世界人口急速减少，数千种生物与过半数的人类从地球上永远地消失了。

南极成为了宁静的死亡地狱，整个海洋变成红色，任何生物都无法在被污染的海中生存。虽然人类并未象恐龙那样灭绝，但复兴工作却无比的严峻。

后来人类用N2地雷击败亚当，把它做成胚胎用于制造EVA。

葛城美里是第二次浩劫的南极考察队唯一生还者，她的父亲在冲击爆发的时候把唯一的救生艇（后来成为EVA的驾驶舱设计）让给了她，自己胸前的伤疤和父亲留下十字项链就是那时留下的全部东西。并且从此之后，葛城美里的容貌变化很小，几乎一直保持年轻的样子。

2001年，碇真嗣诞生，并且，所有EVA的驾驶员亦在这一年出生，碇唯抱着碇真嗣与冬月一起拍下照片，并且照片中有疑似真希波的女人出现。

2002年，源堂和冬月为了调查第二次浩劫的起因前往南极。国联正式发表公告，称2000年9月13日的世界规模的大灾害，是由于有超光速数倍的大质量陨石，冲击南极大陆所引致，其破害性相当于40亿年前的地球与小行星的撞击。

但对于造成第二次浩劫的原因，却无人知晓。现实毕竟难以掩盖，在专家圈内，流传着一些保留下来的照片，在冲击造成的光影中，有一个巨人般的影像。

也有在南极等地的幸存者称，在冲击波浪的中心，有数对巨大的翅膀。因第二次浩劫受到惊吓而陷入自闭状态的葛城美里，被国联予以严密保护。

2003年，国联完成了对南极的调查，根据调查结果设立了位于箱根的人工进化研究所。冬月首次探访人工进化研究所，之后开始协助源堂。在人工进化研究所的地下有个广大的球形巨大空洞，而后来的NERV本部就是利用这个空洞而建造的。

此时，E计划(碇源堂私下进行的造神计划)始动，零号机也开始建造了。

莉莉斯在南极的“第二次冲击”中受重伤而被seele秘密送到人工进化研究所。她被碇源堂司令一伙关在人工进化研究所的最低层，伪装成亚当用作吸引使徒的诱饵。

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