全军考核在第二年的三月中全部结束，最后有近四万人被选为甲等军，其中骑兵一万，步军三万。他们将拥有两镇中最好的待遇及装备，最严格的训练，作为以后两镇军队中征战的主力。
甲等军挑选出来后，万历皇帝非常重视，亲自下旨勉励，赏赐多个营号军旗，还派出自己的心腹太监前来协助黄来福管理军务。
以后这只军队，在春夏无事时，仍在两镇各路中防守，平时严格训练。到了秋冬时，他们统一调集到五寨堡中，稽查训练的同时，还将作为征战专备之用。
当然了，不是成为甲等军的军士及将领就可以高枕无忧的，军队三级制一分，最大程度地激励了两镇军士们的上进心。成为甲等军士固然让人羡慕，同时也让余者的乙等军丙等军士们眼红，大家红着眼，当然也都希望自己能入选。
每年冬天的全军考核时，甲等军中不合格的军将们，同样会被淘汰入乙丙军中去，这个脸可就丢大了。所以乙等军丙等军士们红着眼，甲等军士们同样不敢怠慢。
一时间，一股争强好胜的风气在两镇军中弥漫。
……
万历二十八年正月，公元1600年2月。
黄来福突然上书皇帝，希望能在五寨堡开设军校，以培养忠君爱国，为国杀敌的将才。为体现皇恩浩荡，还希望皇帝能派出德才兼备的人来指导军校的各项管理事务。
黄来福的奏本一上，便引起了大明官场的喧然大波，这些时间，黄来福干的各样出格的事情己经够多了，现在以一地方武人身份，还想办武学？
一时间，官场上说什么的都有，其中不泛诛心之言。大明正统以来，虽然也在两京建立了武学学堂，以为国家的储养备用之用，归兵部的武库司掌行。
不过显然的，说这种武学培养各种弱不禁风的文人还差不多，培养合格的军官武将，显然是有心无力。要不然的话，戚继光在总理蓟镇练兵时，要开设武校，专门向镇内的各将官们教习一些基本的东西了。
反对黄来福奏本的官员如潮，虽然各人说得冠冕堂皇，其实归根到底，还是文武之争。不过万历皇帝却是心动了。文官集团的强大力量，己经让他深深忌惮，是应该扶持起一个武人集团与之相抗衡了。
而且黄来福奏本上的话很让他动心，可以以大明各处久经沙场，现在正在荣养的老军官们来教习学员们韬略，沙场征战之能，形成系统的训练制度，增强大明军力。
同时间，在军校培养各种将才的同时，还可以向他们灌输忠君为国的道理，让他们忠勇为国，可说是一举两得。
一时间，万历皇帝眼睛发亮，越想眼睛越明亮，将军校的建立拔高到一个非常高的层次，到了最后，五寨堡军校己经不是一所地方似的军校，而是国家层次的军校了。
到了这个程度，黄来福也干脆再出主意，建议将五寨堡军事学院命名为大明皇家军事学院，以后学校出来的将官，都是天子门生，定可大大提高学员们对皇帝的忠诚度，出现一大批忠于皇室的国之将才。
万历皇帝欣然同意，不但亲自担任军校的名誉校长，还亲手御赐了“大明皇家军事学院”几个金光大字作院名，同时还手书了“忠诚，奋勇，严谨”等六字校训，而且又派出自己一员心腹太监作督导。
见万历皇帝如此，百官们自然是不答应，这年头，还有什么是不许文官们插手的？军校的设立看来己是无力回天，只能退而求其次。最后在吵闹之下，兵部武库司的一员郎中也被选为军校的一员督导，才暂时停止了这种吵闹。
理所当然的，黄来福成为军校的校长，很快，军院相关的事务便紧锣密鼓地展开。建立校舍，从九边各镇中选拔聘请各个军事经验丰富的退休老将官，选拔两镇中各个卫所营军的军官及舍人子弟入校学习等，一步步有条不紊地进行。
五寨堡建立的大明皇家军事学院成为当时大明的热门话题，不但是山西大同两镇，就是余者九边各镇的军官子弟们，也是对此充满了浓厚的兴趣，千方百计想成为军校的一员。天子门生啊，这个金字招牌谁不想要？
几个月后，被后世誉为大明近代军队摇篮的皇家军事学院在五寨堡开学，当第一期新生进校时，学校举行开学典礼，黄来福与两位督导都作了训词。
按学制分，军校分为初级军事指挥班，中级班，高级班三种。
初级班培养百户，百总以下的军官，学制二年。中级班培养百总到守备一级的军官，学制三年，同时轮训有升职机会的百总以上级别军官。高级班培养守备上以上的军官，学制四年。
不但如此，军校内还有诸多炮科、工科及参谋科等科目，还有很重要的政治科，学员们要学习的东西很多。
关于军校的治军思想，主要来源于中国传统的治军思想，兼容黄来福的一些新式理念。其主要体现在“勤以训练，厚以教养，严以军纪，指导之以效忠皇明政治观念”等几个方面。
从以后的事实效果来讲，军校的作用是巨大的，培养了一大批优秀的将领，让学员明白为何而战，为谁而战。对大明军中良好作风的形成，军队战斗力的提高，有着非常积极的作用。
……
黄来福纠察治理军队的同时，规模浩大的两镇五年政务治理，也是同时展开。
从万历二十七年年底到万历二十八年年初，抽选自总督府屯牧部中富有经验的屯田人员，作为总督府的幕僚派遣人员，会同两镇的户部，工部等委官，同时在在山西镇的汾河，沱河等流域，大同镇的桑干河，御河等流域展开了大规模的荒地勘查，水渠路线等修建筹备。
黄来福决定在五年规划中，在这些地方修建数十个大型水利工程，几条巨型的水渠等，为未来的大规模军屯打下基础。他可不是随便说说的，经由东征债券及开发债券筹备来的巨额资金，为他这种大规模的建设，撑起了坚实的保障基础。
这个年代，由于小冰河天灾的影响，这几河流域中，可供利用的平川及荒地还是很多的，只要水利跟得上去，完全可以将这些荒地变成良田。
退一步来说，就算两镇内的土地不足，塞外还有大批的土地，完全可以安置镇内富余的军队人力，让原先那些只能空耗粮饷，吃着闲饭无所事事的军士们找到新的用武之地。
事务可说是在雷厉风行中进行，一旦某地的水渠路线，荒地勘查结束，就是大批被划分为乙等军，丙等军的两镇军士们被移防在这里，成为当地新的屯田卫所。
不说两镇内某地整个千户所，百户所的军队及家属全部被移到外地是常事，就是整个卫所的军士被移也不是没有。
大明军屯百年下来，许多地方的军屯土地九成变为当地文官武将豪强太监的私产是很正常的，就如原来的五寨堡军屯地一样，大部分成了黄家的私产，余者军士们，过着奴隶都不如的生活。
黄来福正是深深地了解到这一点，所以他干脆来个釜底抽薪，让人全部卷走，让他们转移地方，就算原来卫所的土地还是那些将官们所有，现在他们镇守的地方都变了，看他们怎么办。
黄来福动作极快，而且手段强硬，没有任何质疑的余地，任谁敢挑起事端，敢推诿犹豫者，他镇压起来决不手软。
而且对于这种迁移，除了原先当地少数的军官及豪强官员外，各卫所军堡中普通的军士们，他们是抱着无所谓的态度，反正在原来的地方他们也是祖祖辈辈吃不饱穿不暖，换到外地至少有个盼头。
况且，在这种大规模的迁移中，总督府至少一直保持着他们每日的衣食无忧，就更让他们没有埋怨的心思。特别是总督府对未来生活的承诺，让他们更是心动。
一时间，山西镇大同镇内整卫整所的军士军余涌动，大规模放弃原先的旧卫所，搬移到新地点重新设立屯田卫所，当然了，事情由易而难，首先迁移的卫所军士们，大多还是属于那种极为穷苦，没有丝毫盼头的地方。
至于当地军头官员豪强势力过大，而且也属于略富足一些的地方，只是先期迁移走一批的丙等军士作为新垦殖地点的屯田军。
不过这种大规模的人员来回涌动，还是看得场外的人目瞪口呆。没想到黄来福来这一套，也只有他这种气魄极大的人，才敢来这一套，换成别人，随便一个军士喧变，就将他吓回去了。
而且眼下有黄来福坐镇两镇，手下有几营战力强悍的军队在旁，又有数万强壮的甲等军不断挑选出来，两镇的安全也并不是问题。
这些新生的卫所屯田大军们，每到几河流域中新的垦殖地点后，便会同各地招募来的流民及当地民户大军们，热火朝天地建设新住所，开垦荒地，兴修水利等，大批的新兴卫所及村镇不断涌现了出来。
新兴屯田卫所及村镇不断涌现，当地大规模建设的同时，也带来了许多的商机，一时间，这些地方的周边聚集了大批的商队民户等，运粮的人，卖菜的人，拉工的人，运石头木头的人……牲口与人口的聚集，又需要众多的客店踏房等，那种热火朝天的味道，让许多人都感受得到。
对于这些新兴的军屯之地，黄来福改变了以往那种授田于军士们的作法，在这个小冰河灾害横行的年景，他们这种与小老百姓一样一家一户的耕作方式根本抵抗不了灾害的横行，而且也非常容易又陷入自己耕地被官员及豪强侵吞的结果。
如果这样，黄来福可以想象，最多十年，这些军屯又可能走回了原先大明军屯的老路上去。所以黄来福在这些军屯之地采用了五寨堡农场似的耕作方式。
这些土地其实都是属于总督府控制所有。这些军士们其实便是总督府下的工人。在这些地方，大规模的兴修水利，使用五寨堡良种，施用肥田农药，采用大规模的耕作方法。
军士们每月有保底够生活的月俸，然后勤者奖，懒者罚。让他们养家糊口的同时，还保持着生活的希望，最大限度地提高他们的生产积极性。
黄来福的盘算，这种高成本大规模的耕作方法后，很快这些军屯都可以自给自足，当粮食不愁后，有了相关的原料及市场，接下来的商业及工业的发展便顺理成章了。
很快，便会在这些屯田卫所内大规模的发展农副业，农牧业等，仿效五寨堡大畜场进行大规模的养殖，进而建立起各种的食品厂，屠宰场，榨油厂等，然后对外增值销售，将农牧渔业成为一体。
由农而稳，由工而富，而商而活，最终这些屯田卫所不但能自己养活自己，还能为自己创造巨大的价值。而到了这一步，一个新兴的商业城镇便诞生了，还可以带动周边的地区发展，形成一个良性的循环。
……
从万历二十七年年底，两镇内大规模的军屯同时，依两镇的五年计划，大规模的道路修建也在进行。
大批的总督府幕员，随同两镇的工部官员，还有各道各堡的文官武将们，依黄来福的计划规划，己经风风火火地勘测从五寨堡到太原城的水泥路线，从五寨堡到大同城的水泥路线，从五寨堡到归化城的水泥路线。
在这点上，与两镇的军屯及矿业建设不同，不论是文官还是武将们，都是非常赞同，大同镇巡抚魏允贞同样是非常赞赏，当勘测从五寨堡到大同城的水泥路线时，可说是通力配合。
交通的重要，不论是放在古代还是现代，都是举世公认的，就是在古代，大善人的重要标志也是修路铺路，只是无奈钱粮有限，稍稍修建那种达百里之上的道路，也没有几个人有能力做到罢了。
眼下总督府的承担了大部的资金，不需要地方上耗费多少钱粮，而修路的好处又是有目共睹的，有优良的道路从自己境内经过，便会带来多少好处？五寨堡就是个明显的例子。
现在有这种好事，自然是人人踊跃。
而且总督大人仁慈，不需要两镇百姓出瑶役，而采用支粮支银的方式来用工。每天有管够的面饼热汤，每月还有不少的月银，在眼下这个灾年频繁，越来越多流民的时代，有什么比这更吸引人的？
小民什么都没有，就是有一把力气，而对于小老百姓来说，能挣钱，能吃饱，谁会吝啬卖力气？
而且由于三条道路工程浩大，怕要建设长达数年，需要海量的用工单位，不但是两镇的富余民工被扫一空，就是远在两镇外的流民民夫们，随着消息的传开，也是被吸引，不断地涌入山西镇大同两镇。
一时间，从万历二十七年年底，从各地流民及民户中招募来的密密麻麻的修路民夫又成为两镇内新的一道风景线。
而多达数万的修路民夫们又吸引了外围无数的商队盘旋在外，三条水泥路需要的海量水泥又让神池堡的水泥厂彻夜不停地开工着……
总督府独自承建三条规模浩大的水泥路引起了朝野的广泛赞誉，这种利国利民的好事，任谁也挑不出丝毫的毛病，不论是如何对黄来福不满的官员们，在这点上，也不得不称赞黄来福两句，万历皇帝更是专门下旨嘉奖。
当然了，比起这个大规模道路修建政务的好评如潮，黄来福在接下来的矿业政务经营上，则是弹劾他的折子堆得比他人还高，全靠万历皇帝在后撑腰强压着，否则他淹也要被百官御史的口水所淹没。
秉承黄来福的一惯强硬，在万历二十八年的正月时，他便宣布没收山西大同两镇内所有非法矿主的矿山，接下来更是派出经验丰富的宁武营进行武力接受镇压，到处是杀得血流成河。
据不完全统计，在接下来的几年中，死在宁武营枪炮下的两镇非法矿主高达百人，非法武装矿丁高达三千余人，没收非法矿主的财产多达两百余万两银子。宁武营参将刘全利的名声，紧跟黄来福之后，可止小儿夜啼……
万历二十八年正月十五日，公元1600年2月28日。
报经万历皇帝同意后，黄来福各遣军士及流民一万，在离山西镇及大同镇边塞外数百里的东胜卫、镇虏卫、云川卫故地上复设新的城堡军营。
东胜卫、镇虏卫、云川卫原塞外三地明初时属山西行都司管辖，明中叶后，大明势力内缩，更由于补给不易，加上当时蒙古人骚扰严重，所以三地及附近卫所全部放弃，大明势力缩回长城之内，也因此大明繁华内地承受了百年的战火。
眼下三卫恢复，不但使大明防线大幅度北移，有力防护了山西镇及大同镇等地的安全。而且这种复土之功，是每朝每代，任何一个君王都所期盼的。
复卫不久后，万历皇帝专门以此告祭太庙，百官们也是纷纷上表祝贺。